<div dir="ltr"><div>Hmm, so it's probably picking up the system Python by default.   This may be an oversight on our part - I'm creating a bug to look into it.  Our build should be linking it to your other python library but isn't.<br><br></div><div>As a workaround, you can override this with the DYLD_LIBRARY_PATH environment variable on Mac OS X.  <br><br>If you add the directory with your preferred python .dylib file to that environment variable, it should link against that version of python instead of the system one.<br><br></div><div>E.g. <br><br>export DYLD_LIBRARY_PATH=/path/to/anaconda/lib<br><br></div><div>I *think* this should give you a way to work around it in the meantime.<br><br></div><div>- Tim<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 19 April 2015 at 20:19, Ozik, Jonathan <span dir="ltr"><<a href="mailto:jozik@anl.gov" target="_blank">jozik@anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Thanks Tim. Here’s what I get on OS X:
<div><br>
</div>
<div>XioMBP:swift_simphony_example_DEAP jozik$ otool -L /Users/jozik/work/swift_t/install/turbine/lib/libtclturbine.dylib <br>
/Users/jozik/work/swift_t/install/turbine/lib/libtclturbine.dylib:<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/Users/jozik/work/swift_t/install/turbine/lib/libtclturbine.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/Users/jozik/work/swift_t/install/lb/lib/libadlb.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/Users/jozik/work/swift_t/install/c-utils/lib/libexmcutils.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/opt/tcl-tk/lib/libtcl8.6.dylib (compatibility version 8.6.0, current version 8.6.3)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/lib/libmpi.12.dylib (compatibility version 13.0.0, current version 13.4.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>libpython2.7.dylib (compatibility version 2.7.0, current version 2.7.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>libz.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.2.8)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/lib/libsz.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/lib/libhdf5.8.dylib (compatibility version 9.0.0, current version 9.2.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/lib/libhdf5_hl.8.dylib (compatibility version 9.0.0, current version 9.2.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/lib/libpmpi.12.dylib (compatibility version 13.0.0, current version 13.4.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1213.0.0)<br>
<span style="white-space:pre-wrap"></span>/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2/lib/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)</div>
<div><br>
</div>
<div>Which doesn’t answer our question of which libpython2.7.dylib is being linked to… If there’s a build log file that you want to point me to, I can do some more digging.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div>Jonathan</div></font></span><div><div class="h5">
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On Apr 19, 2015, at 7:36 PM, Tim Armstrong <<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div>It might be helpful to get some linker information from your installation to see which Python version it's linking against.<br>
<br>
In linux:<br>
ldd  /path/to/turbine/lib/libtclturbine.so <br>
<br>
</div>
In OS X I think it's something like:<br>
otool -L /path/to/turbine/lib/libtclturbine.dylib
<div><br>
</div>
<div>- Tim<br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On 19 April 2015 at 15:55, Ozik, Jonathan <span dir="ltr">
<<a href="mailto:jozik@anl.gov" target="_blank">jozik@anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
An update. I looked to see whether this was a PATH issue, and saw that there was a difference between how my bash and zsh shells populate the PATH variable. I have made them compatible now, but am still seeing the same issue with the wrong python being picked
 up.<br>
<span><font color="#888888"><br>
Jonathan<br>
</font></span>
<div>
<div><br>
> On Apr 18, 2015, at 11:21 PM, Ozik, Jonathan <<a href="mailto:jozik@anl.gov" target="_blank">jozik@anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi all,<br>
><br>
> I’ve run up against an issue where Swift/T’s python and python_persist are using the wrong Python version. I’ve checked and rebuilt and it looks like the Python install location specified in exm-settings.sh is being used in the build log but when I run a
 simple test:<br>
> string ss = python_persist("import sys\nsys.version”);<br>
> I’m getting the Python installation at /usr/bin/python rather than the Python version installed as part of the Anaconda distribution (which is what the exm-settings.sh is configured to use).<br>
> Any advice on how I might better diagnose this would be appreciated. I’m on Mac OS X (10.10.3).<br>
><br>
> Jonathan<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> ExM-user mailing list<br>
> <a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a><br>
> <a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">
https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ExM-user mailing list<br>
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a><br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br></div>