<div dir="ltr"><div>That looks right, it should run dock_wrap.tcl fine.  And it runs successfully to completion with no output?  Is that what you expected it to do?<br><br></div><div>Backtracking to your original problem, if you could work out which "package require" statement was failing and provide some info about that package it might help understand the issue.<br>
</div><div><br></div>- Tim<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 1:32 PM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I run tclsh as follows:</div><div><br></div>/home/ketan/tcl-install/bin/tclsh8.5 dock_wrap.tcl -i <a href="http://rigid.in" target="_blank">rigid.in</a><br>
<div><br></div><div>and</div><div><br></div><div>mpiexec -n 3 /home/ketan/tcl-install/bin/tclsh8.5 dock_wrap.tcl -i <a href="http://rigid.in" target="_blank">rigid.in</a><br>
</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div class="">On Tue, Jul 29, 2014 at 1:28 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div><div class="">
<div dir="ltr">
<div>I forgot to reply all earlier, re-including the list.<br>
<br>
</div>
How are you running tclsh?<br>
</div></div><div><div class="h5"><div><div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 11:53 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">when I try tclsh, it does not do anything. Just returns with an exit status 0.</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 11:02 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>You can run it directly with tclsh or mpiexec tclsh, which is what turbine eventually does after setting up environment variables, etc.<span><font color="#888888"><br>
<br>
</font></span></div>
<span><font color="#888888">- Tim<br>
</font></span></div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 10:57 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Is it possible to run the dock_wrap.tcl outside of turbine just as in the case of static build? 
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 10:45 AM, Wozniak, Justin M. <span dir="ltr"><<a href="mailto:wozniak@mcs.anl.gov" target="_blank">wozniak@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<div>
<div><br>
Ok, it's in.  The Swift/K SVN is apparently down so it's not on the web yet but see the asciidoc.
<br>
<div><br>
On 07/29/2014 10:21 AM, Justin M Wozniak wrote:<br>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div><br>
I thought VALGRIND was in the manual already but it isn't.  I will add it now.  I will also talk about our GDB feature.
<br>
<br>
On 07/29/2014 10:17 AM, Ketan Maheshwari wrote:<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Thanks! Seems turbine script already had a placeholder for Valgrind so I tried that and from the output, it seems tcl libraries are causing segfault but I may be wrong. Attached is the Valgrind output.
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 10:05 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr">
<<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I don't have any particular insight into the cause of the segfault, I can help with the debugger though.<br>
<br>
You need to point gdb at the tclsh that is being used by turbine (which is just a shell script).  You can locate the correct tclsh by looking at TCLSH in scripts/turbine-config.sh in the turbine install directory.<br>
<br>
</div>
- TIm<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 10:00 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>Trying to main-wrap DOCK 6.6 application for ATPESC, I get the build right (seems) but things fail at runtime giving segfault:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>$ turbine -n 4 user-code.tcl</div>
<div><br>
</div>
<div>===================================================================================</div>
<div>=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES</div>
<div>=   EXIT CODE: 139</div>
<div>=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES</div>
<div>=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES</div>
<div>===================================================================================</div>
<div>YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)</div>
<div>This typically refers to a problem with your application.</div>
<div>Please see the FAQ page for debugging suggestions</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>This is on MCS machine. Any suggestion to debug this? I tried gdb but it gives:</div>
<div><br>
</div>
<div> "/nfs2/ketan/exm-install/turbine/bin/turbine": not in executable format: File format not recognized</div>
<div><br>
</div>
<div>With strace, I see some signs of missing files but not sure if that is the cause of segfault. Attached is the strace output of:</div>
<div><br>
</div>
<div>strace -o strace.out turbine -n 4 user-code.tcl<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>The code has some MPI and pthread elements but does not use them as far as I understand.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for any suggestions.</div>
<div><br>
</div>
<div>--</div>
<div>Ketan</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ExM-user mailing list<br>
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
ExM-user mailing list
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
<br>
</div>
</div>
<span><font color="#888888">
<pre cols="72">-- 
Justin M Wozniak</pre>
</font></span></blockquote>
</div>
</div>
<span><font color="#888888"><br>
<span><font color="#888888"><br>
<pre cols="72">-- 
Justin M Wozniak</pre>
</font></span></font></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></div></div></div>

</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>