<div dir="ltr">We are trying to narrow down the cause of segfault by running the tcl out of turbine thus getting rid of the swift/T/tcl and turbine script. I suppose this is the tcl script that gets invoked which in turn invokes the application.</div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 3:14 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">
<div>proc just defines the functions. You need to call them for it to run.<br>
<br>
</div>
<div>What are we trying to achieve by running this file anyway?  This look like a set of library functions rather than the entry point for a script.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
</font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
- Tim<br>
</font></span></div><div><div class="h5">
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 3:08 PM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Here is the tcl script with puts messages:
<div><br>
</div>
<div>
<div>package provide leaf_main 0.0</div>
<div><br>
</div>
<div># dnl Receive USER_LEAF from environment for m4 processing</div>
<div>set USER_LEAF dock_wrap</div>
<div>puts hello1</div>
<div><br>
</div>
<div>namespace eval leaf_main {</div>
<div>puts hello2</div>
<div><br>
</div>
<div>    proc leaf_main_wrap { rc A } {</div>
<div>    deeprule $A 1 0 "leaf_main::leaf_main_wrap_impl $rc $A" type $::turbine::WORK</div>
<div>    }</div>
<div><br>
</div>
<div>    proc leaf_main_wrap_impl { rc A } {</div>
<div><br>
</div>
<div>        global USER_LEAF</div>
<div><br>
</div>
<div>        set length [ adlb::container_size $A ]</div>
<div>        set tds [ adlb::enumerate $A dict all 0 ]</div>
<div>        set argv [ list ]</div>
<div><br>
</div>
<div>        puts hello3</div>
<div><br>
</div>
<div>        # Fill argv with blanks</div>
<div>        dict for { i v } $tds {</div>
<div>            lappend argv 0</div>
<div>        }</div>
<div>        # Set values at ordered list positions</div>
<div>        dict for { i v } $tds {</div>
<div>            lset argv $i $v</div>
<div>        }</div>
<div>        set rc_value [ ${USER_LEAF}_extension {*}$argv ]</div>
<div>        turbine::store_integer $rc $rc_value</div>
<div>        puts hello4</div>
<div>    }</div>
<div>    puts hello5</div>
<div>}</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>It prints:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>hello1</div>
<div>hello2</div>
<div>hello5</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I see that it is not going in the proc_leaf_main_wrap_impl but I am not familiar enough with TCL to understand why.</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 2:41 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">I don't see any reason why that invocation of tclsh would silently fail to run the tcl script.  Have you attempted to confirm your hypothesis that it's not running the script, for example by modifying the script to print something at the beginning
 or end?<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 1:42 PM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">I expect it to run the application or crash on segfault. Nothing happens.
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 1:39 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>That looks right, it should run dock_wrap.tcl fine.  And it runs successfully to completion with no output?  Is that what you expected it to do?<br>
<br>
</div>
<div>Backtracking to your original problem, if you could work out which "package require" statement was failing and provide some info about that package it might help understand the issue.<span><font color="#888888"><br>

</font></span></div>
</div>
<span><font color="#888888">
<div><br>
</div>
- Tim<br>
</font></span></div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 1:32 PM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
<div>
<div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>I run tclsh as follows:</div>
<div><br>
</div>
/home/ketan/tcl-install/bin/tclsh8.5 dock_wrap.tcl -i <a href="http://rigid.in" target="_blank">
rigid.in</a><br>
<div><br>
</div>
<div>and</div>
<div><br>
</div>
<div>mpiexec -n 3 /home/ketan/tcl-install/bin/tclsh8.5 dock_wrap.tcl -i <a href="http://rigid.in" target="_blank">
rigid.in</a><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 1:28 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>I forgot to reply all earlier, re-including the list.<br>
<br>
</div>
How are you running tclsh?<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 11:53 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">when I try tclsh, it does not do anything. Just returns with an exit status 0.</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 11:02 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>You can run it directly with tclsh or mpiexec tclsh, which is what turbine eventually does after setting up environment variables, etc.<span><font color="#888888"><br>
<br>
</font></span></div>
<span><font color="#888888">- Tim<br>
</font></span></div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 10:57 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr">
<<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Is it possible to run the dock_wrap.tcl outside of turbine just as in the case of static build? 
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 10:45 AM, Wozniak, Justin M. <span dir="ltr"><<a href="mailto:wozniak@mcs.anl.gov" target="_blank">wozniak@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<div>
<div><br>
Ok, it's in.  The Swift/K SVN is apparently down so it's not on the web yet but see the asciidoc.
<br>
<div><br>
On 07/29/2014 10:21 AM, Justin M Wozniak wrote:<br>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div><br>
I thought VALGRIND was in the manual already but it isn't.  I will add it now.  I will also talk about our GDB feature.
<br>
<br>
On 07/29/2014 10:17 AM, Ketan Maheshwari wrote:<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Thanks! Seems turbine script already had a placeholder for Valgrind so I tried that and from the output, it seems tcl libraries are causing segfault but I may be wrong. Attached is the Valgrind output.
<div><br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 29, 2014 at 10:05 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr">
<<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I don't have any particular insight into the cause of the segfault, I can help with the debugger though.<br>
<br>
You need to point gdb at the tclsh that is being used by turbine (which is just a shell script).  You can locate the correct tclsh by looking at TCLSH in scripts/turbine-config.sh in the turbine install directory.<br>
<br>
</div>
- TIm<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Tue, Jul 29, 2014 at 10:00 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>Trying to main-wrap DOCK 6.6 application for ATPESC, I get the build right (seems) but things fail at runtime giving segfault:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>$ turbine -n 4 user-code.tcl</div>
<div><br>
</div>
<div>===================================================================================</div>
<div>=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES</div>
<div>=   EXIT CODE: 139</div>
<div>=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES</div>
<div>=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES</div>
<div>===================================================================================</div>
<div>YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)</div>
<div>This typically refers to a problem with your application.</div>
<div>Please see the FAQ page for debugging suggestions</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>This is on MCS machine. Any suggestion to debug this? I tried gdb but it gives:</div>
<div><br>
</div>
<div> "/nfs2/ketan/exm-install/turbine/bin/turbine": not in executable format: File format not recognized</div>
<div><br>
</div>
<div>With strace, I see some signs of missing files but not sure if that is the cause of segfault. Attached is the strace output of:</div>
<div><br>
</div>
<div>strace -o strace.out turbine -n 4 user-code.tcl<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>The code has some MPI and pthread elements but does not use them as far as I understand.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for any suggestions.</div>
<div><br>
</div>
<div>--</div>
<div>Ketan</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ExM-user mailing list<br>
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
ExM-user mailing list
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
<br>
</div>
</div>
<span><font color="#888888">
<pre cols="72">-- 
Justin M Wozniak</pre>
</font></span></blockquote>
</div>
</div>
<span><font color="#888888"><br>
<span><font color="#888888"><br>
<pre cols="72">-- 
Justin M Wozniak</pre>
</font></span></font></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br></div>