<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>At runtime, on Cetus, I am getting the following:</div><div><br></div><div><div>Error while loading Tcl code originally from file /home/ketan/rosetta/flexpep_docking/user-code.tcl:</div>
<div>Error while loading Tcl code originally from file /home/ketan/rosetta/flexpep_docking/user-code.tcl:</div><div>Error executing compiled in main script (source /home/ketan/rosetta/flexpep_docking/user-code.tcl): turbine error TURBINE_ERROR_UNKNOWN (15)</div>
<div>Error executing compiled in main script (source /home/ketan/rosetta/flexpep_docking/user-code.tcl): turbine error TURBINE_ERROR_UNKNOWN (15)</div></div><div><br></div><div>My qsub line is as follows:</div><div><br></div>
<div>qsub --env BG_COREDUMPONEXIT=1:BG_SHAREDMEMSIZE=32MB -t 50 -n 3 --proccount 2 --mode c1 ./static_leaf_main<br></div><div><br></div><div>Any ideas on how I can further debug this or probable causes?</div><div><br></div>
<div>Thanks,</div><div>Ketan</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 29, 2014 at 12:03 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">
<div>Yeah, with static linking it wants everything to be available as a .a archive.  It's a pain, since if you're static linking, everything needs to be static, but if you're using any dynamic linking, it defaults to using the .so and it's difficult to override.<br>

<br>
</div>
- Tim<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote"><div class="">On Thu, May 29, 2014 at 10:11 AM, Justin M Wozniak <span dir="ltr">
<<a href="mailto:wozniak@mcs.anl.gov" target="_blank">wozniak@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div class=""><br>
I just fixed the perms on libtclturbine.a<br>
<br>
For Tcl, there is currently no static archive in that directory- I will try to make one.
<br>
</div><div>
<div><div class=""><br>
<div>On 05/29/2014 09:59 AM, Ketan Maheshwari wrote:<br>
</div>
</div><div><div class="h5"><blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Thanks! Trying to link with the following:
<div><br>
</div>
<div>
<div>/soft/compilers/wrappers/xl/mpixlcxx -o static_leaf_main static_leaf_main.o /home/ketan/rosetta/flexpep_docking/leaf_main.a \</div>
<div> -pg -qsmp=omp -g -O0 -qarch=qp -qtune=qp -qhot -Wl,--allow-multiple-definition \</div>
<div> /projects/ExM/ketan/openmp-gnu-july16-mini/build/src/debug/linux/2.6/64/ppc64/xlc/static-mpi/apps/public/flexpep_docking/FlexPepDocking.o \</div>
<div> -L$TCL_HOME/lib -L$TURBINE_HOME/lib -L/projects/ExM/ketan/openmp-gnu-july16-mini/external/lib \</div>
<div> -L/projects/ExM/ketan/openmp-gnu-july16-mini/build/src/debug/linux/2.6/64/ppc64/xlc/static-mpi \</div>
<div> -Lsrc -L/projects/ExM/ketan/openmp-gnu-july16-mini/build/external/debug/linux/2.6/64/ppc64/xlc/static-mpi \</div>
<div> -Lexternal -L/home/vsachde/ROSETTA/zlib/lib -ldevel -lprotocols.7 -lprotocols.6 -lprotocols_f.5 -lprotocols_e.5 \</div>
<div> -lprotocols_d.5 -lprotocols_c.5 -lprotocols_b.5 -lprotocols_a.5 -lprotocols_h.4 -lprotocols_g.4 -lprotocols_f.4 \</div>
<div> -lprotocols_e.4 -lprotocols_d.4 -lprotocols_c.4 -lprotocols_b.4 -lprotocols_a.4 -lprotocols.3 -lprotocols_b.2 \</div>
<div> -lprotocols_a.2 -lprotocols.1 -lcore.5 -lcore.4 -lcore.3 -lcore.2 -lcore.1 -lbasic -lnumeric -lutility -lObjexxFCL \</div>
<div> -lz -lcppdb -lsqlite3 -lz -ltclstub8.5 -ltcl8.5 -ltclturbine -ltclturbinestatic -ltclturbinestaticres</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Getting the error message:</div>
<div>
<div>/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux/powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -ltcl8.5</div>
<div>/bgsys/drivers/ppcfloor/gnu-linux/powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -ltclturbine</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>$TCL_HOME is /home/wozniak/Public/sfw/ppc64/tcl-8.5.12</div>
<div>$TURBINE_HOME is /home/wozniak/Public/sfw/ppc64/turbine/lib</div>
<div><br>
</div>
<div>and the libs that ld is complaining about does seem to be available at the above locations. Any suggestions?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Ketan</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Thu, May 29, 2014 at 9:09 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr">
<<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
Forgot to send this to the list.<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Thu, May 29, 2014 at 8:06 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Another thing I should mention is that you can source the turbine-build-config,sh script under turbine to get many of the variables you need e.g. install dirs, tcl version, linker flags.<span><font color="#888888"><br>

<br>
</font></span></div>
<span><font color="#888888">- Tim<br>
</font></span></div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Wed, May 28, 2014 at 9:40 AM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>main_script lets you specify the Tcl script that's run on application startup.  To run a compiled Swift program, you set main_script to point to the Tcl output file.  mkstatic.tcl doesn't need Swift source files.<br>

<br>
</div>
<div>Note that you only need to fill in the fields in the "Manifest info" section to generate the C main program.  You probably only need the follow to generate the C code:<br>
<br>
# Name and version of Tcl package<br>
pkg_name=flex_pep_docking_or_whatever<br>
pkg_version=0.0<br>
<br>
# C function names to initialise Tcl modules<br>
# These follow the Tcl naming convention, e.g., Userlib_Init<br>
# Use nm on your extension object code to find this symbol<br>
lib_init=_Z24FlexPepDocking_wrap_InitP10Tcl_Interp<br>
<br>
# lib scripts are executed in specified order, before main_script and<br>
# after lib_inits<br>
lib_script=../flexpep_docking/user-code.tcl<br>
<br>
# headers for user Tcl code, e.g. lib_init functions<br>
lib_include=../flexpep_docking/FlexPepDocking_wrap.h<br>
<br>
# main script (generated by STC). <br>
# If provided, always runs this main script.  <br>
# Otherwise, the script file is specified at run time as the <br>
# first command line argument (like tclsh)<br>
main_script = stc_output_file.tcl<span><font color="#888888"><br>
<br>
</font></span></div>
<span><font color="#888888">
<div><br>
</div>
- Tim<br>
</font></span></div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Wed, May 28, 2014 at 9:17 AM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
</div>
<div>
<div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Thanks. One more question:
<div><br>
</div>
<div>I am not sure where should I provide the application source file in the manifest files? </div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Ketan</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>On Tue, May 27, 2014 at 2:14 PM, Tim Armstrong <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.g.armstrong@gmail.com" target="_blank">tim.g.armstrong@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr"><br>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div>On Tue, May 27, 2014 at 1:50 PM, Ketan Maheshwari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ketan@mcs.anl.gov" target="_blank">ketan@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
</div>
<div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>Trying to get the Rosetta application static build for Turbine using mkstatic.tcl.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am a bit confused about the entries in the manifest file:</div>
<div><br>
</div>
<div>1. The purpose of lib_script option is not very clear to me. What scripts are supposed to go in there? The template lists user_stuff1.tcl, user_stuff2.tcl.</div>
<div><br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
<div>
<div>Any Tcl scripts that you want to run when the library loads.  E.g. if you set pkg_name=the_pkg and lib_script=the_pkg.tcl, then pkg.tcl will be included in the executable.  It's run when the Tcl user script does a "package require the_pkg".<br>

</div>
</div>
<div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>2. The lib_include entry: does it accept both include dirs and header files?</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>It has to be a header file - it will just add a #include at the top of the C main file.  You have to provide any include directory flags to the C compiler later when you compile it.<br>
</div>
<div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>
<div>3. From the documentation <a href="http://www.mcs.anl.gov/exm/local/guides/swift.html#mkstatic" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/exm/local/guides/swift.html#mkstatic</a>, I see that there are options at commandline such as --include-lib and --include-system-lib.
 Are these in lieu of the ones in the manifest?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div>These let you link in entire library directories.  <br>
<div><br>
--include-system-lib is for the Tcl standard library directory that is always loaded on startup - it links the files into the executable so that it doesn't need to load them off disk.  It's mainly for performance, but it can help build entirely self-contained
 executables.<br>
<br>
 --include-lib  lets you link in an external library, e.g. a directory of Tcl files, or a directory with a pkgIndex.tcl file.  These are set up to to be loaded on demand with "package require".  --include-lib <dir> is essentially an alternative to setting TURBINE_USER_LIB=<dir>.<br>

<br>
</div>
</div>
<div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Ketan</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
ExM-user mailing list<br>
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a><br>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
ExM-user mailing list
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
</div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<span><font color="#888888">
<pre cols="72">-- 
Justin M Wozniak
</pre>
</font></span></font></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div>