<div dir="ltr">Hi Mike,<div><br></div><div>Thanks! Redirecting stdin from /dev/null with turbine call worked right away!</div><div><br></div><div>So, now  we have a first working version of Swift/T-foreach-Galaxy. </div><div>
<br></div><div>Thanks,</div><div>Ketan</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 8, 2014 at 8:33 PM, Wilde, Michael J. <span dir="ltr"><<a href="mailto:wilde@mcs.anl.gov" target="_blank">wilde@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Perhaps try redirecting stdin on the $turbine call with "< /dev/null"<br>
<br>
Some older versions of mpiexec had a bug when stdin was not a tty or ptty.<br>
<br>
Not sure if thats the case here, but easy to try.<br>
<br>
- Mike<div><div class="h5"><br>
<br>
<div>On 5/8/14, 5:10 PM, Ketan Maheshwari wrote:<br>
</div>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<pre>Hi,

Trying invoke turbine from Galaxy as follows:

$turbine -V -n $n $wdir/script.tcl "${swiftargs}"

Each of the variables being set in previous lines.

The process tree shows mpiexec as defunct processes:
 PID TTY          TIME CMD
  389 ?        00:00:00 sshd
  390 pts/39   00:00:00   bash
  804 pts/39   00:00:00     sh
  990 pts/39   00:00:38       python
 1189 pts/39   00:00:00         sh
 1190 pts/39   00:00:00           bash
 1330 pts/39   00:00:00             turbine
 1332 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct>
 1547 pts/39   00:00:00         sh
 1548 pts/39   00:00:00           bash
 1683 pts/39   00:00:00             turbine
 1686 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct>
 2046 pts/39   00:00:00         sh
 2047 pts/39   00:00:00           bash
 2299 pts/39   00:00:00             turbine
 2302 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct>


Not sure how to debug this. The same call works outside of Galaxy.

Any suggestions?

Thanks,
Ketan

</pre>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
</div></div><div class=""><pre>_______________________________________________
ExM-user mailing list
<a href="mailto:ExM-user@lists.mcs.anl.gov" target="_blank">ExM-user@lists.mcs.anl.gov</a>
<a href="https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user" target="_blank">https://lists.mcs.anl.gov/mailman/listinfo/exm-user</a>
</pre>
</div></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
<pre cols="72">-- 
Michael Wilde
Mathematics and Computer Science          Computation Institute
Argonne National Laboratory               The University of Chicago
</pre>
</font></span></div>

</blockquote></div><br></div>