<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Trying invoke turbine from Galaxy as follows:</div><div><br></div><div>$turbine -V -n $n $wdir/script.tcl "${swiftargs}" </div><div><br></div><div>Each of the variables being set in previous lines.</div>
<div><br></div><div>The process tree shows mpiexec as defunct processes:</div><div><div> PID TTY          TIME CMD</div><div>  389 ?        00:00:00 sshd</div><div>  390 pts/39   00:00:00   bash</div><div>  804 pts/39   00:00:00     sh</div>
<div>  990 pts/39   00:00:38       python</div><div> 1189 pts/39   00:00:00         sh</div><div> 1190 pts/39   00:00:00           bash</div><div> 1330 pts/39   00:00:00             turbine</div><div> 1332 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct></div>
<div> 1547 pts/39   00:00:00         sh</div><div> 1548 pts/39   00:00:00           bash</div><div> 1683 pts/39   00:00:00             turbine</div><div> 1686 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct></div><div>
 2046 pts/39   00:00:00         sh</div><div> 2047 pts/39   00:00:00           bash</div><div> 2299 pts/39   00:00:00             turbine</div><div> 2302 pts/39   00:00:00               mpiexec <defunct></div></div>
<div><br></div><div><br></div><div>Not sure how to debug this. The same call works outside of Galaxy.</div><div><br></div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Ketan</div></div>