<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I was able to successfully run the darshan runtime without any warnings withou HDF5.</div><div><br></div><div><div>Now when I compile with HDF5 (the results above are without it):</div><div>./configure --with-log-path=/gpfs/raid/darshan-logs --with-jobid-env=PBS_JOBID CC=mpicc --enable-hdf5-mod --with-hdf5=/gpfs/raid/SDSSCube/ext_lib//hdf5-1.12.0/hdf5/<br></div><div><br></div><div>It messes up my runtime and causes python to crash:</div><div>mpirun -x DARSHAN_CONFIG_PATH=/gpfs/raid/SDSSCube/darshan.conf -x LD_PRELOAD=/gpfs/raid/shared_libs/darshan/darshan-runtime/lib/.libs/libdarshan.so:/gpfs/raid/SDSSCube/ext_lib/hdf5-1.12.0/hdf5/lib/libhdf5.so -np 65 --hostfile hosts --map-by node /gpfs/raid/SDSSCube/venv_par/bin/python hisscube.py --truncate ../sdss_data/ results/SDSS_cube_c_par.h5<br></div><div><br></div><div>Resulting in:</div><div>INFO:rank[0]:Rank 0 pid: 137058<br>Darshan HDF5 module error: runtime library version (1.12) incompatible with Darshan module (1.10-).<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "hisscube.py", line 74, in <module><br>    writer.ingest(fits_image_path, fits_spectra_path, truncate_file=args.truncate)<br>  File "/gpfs/raid/SDSSCube/hisscube/ParallelWriterMWMR.py", line 45, in ingest<br>    self.process_metadata(image_path, image_pattern, spectra_path, spectra_pattern, truncate_file)<br>  File "/gpfs/raid/SDSSCube/hisscube/CWriter.py", line 150, in process_metadata<br>    h5_file = self.open_h5_file_serial(truncate_file)<br>  File "/gpfs/raid/SDSSCube/hisscube/CWriter.py", line 170, in open_h5_file_serial<br>    return h5py.File(self.h5_path, 'w', fs_strategy="page", fs_page_size=4096, libver="latest")<br>  File "/gpfs/raid/SDSSCube/venv_par/lib/python3.8/site-packages/h5py-3.6.0-py3.8-linux-x86_64.egg/h5py/_hl/files.py", line 533, in __init__<br>    fid = make_fid(name, mode, userblock_size, fapl, fcpl, swmr=swmr)<br>  File "/gpfs/raid/SDSSCube/venv_par/lib/python3.8/site-packages/h5py-3.6.0-py3.8-linux-x86_64.egg/h5py/_hl/files.py", line 232, in make_fid<br>    fid = h5f.create(name, h5f.ACC_TRUNC, fapl=fapl, fcpl=fcpl)<br>  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper<br>  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper<br>  File "h5py/h5f.pyx", line 126, in h5py.h5f.create<br>  File "h5py/defs.pyx", line 693, in h5py.defs.H5Fcreate<br>RuntimeError: Unspecified error in H5Fcreate (return value <0)<br></div><div><br></div><div>You are saying that darshan should be compatible with HDF5 > 1.8, which 1.12 should be, right? I checked the source and there is hardcoded if minor version > 10: not supported.</div><div><br></div><div>Thanks for explaining what's supported.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Jiri Nadvornik</div></div></div>