<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div class="moz-cite-prefix">Hi Bilel,<br>
<br>
Thanks for the bug report. We can try to reproduce here and
confirm.<br>
<br>
In the mean time, can you tell me if the test_scalapack.f90 code
is using MPI or not? <br>
<br>
thanks,<br>
-Phil<br>
<br>
On 02/24/2018 02:25 PM, Bilel Hadri wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:87E06FBE-01F1-424D-A97D-F702A2358F16@kaust.edu.sa">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Title" content="">
<meta name="Keywords" content="">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
medium)">
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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear Darshan colleagues,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I recently installed darshan 3.1.5 on
Shaheen, Cray XC40, we recently upgraded the OS to CLE6.up05
and using the 17.12 PrgEnv.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Compiling Scalapack with Cray Libsci fails
with the error shown below with all programming environment.
Similar issue was observed for other codes, like a simple
petsc code.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">After digging, it seems that it is related
to darshan3.1.5 version recently installed on Shaheen. When
unloading darshan, the compilation works fine with no issue.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The error is not appearing when using
darshan 3.1.4.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ftn -o exe test_scalapack.f90 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/dmapp/default/lib64/libdmapp.a(dmapp_internal.o):
In function `_dmappi_is_pure_dmapp_job':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/home/abuild/rpmbuild/BUILD/cray-dmapp-7.1.1/src/dmapp_internal.c:1401:
undefined reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/CRAY/8.6/x86_64/lib/libsci_cray_mpi_mp.a(blacs_exit_.o):
In function `blacs_exit_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/b/worker/csml-libsci-sles/build/mp/scalapack/BLACS/SRC/blacs_exit_.c:42:
undefined reference to `__wrap_MPI_Finalize'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/CRAY/8.6/x86_64/lib/libsci_cray_mpi_mp.a(blacs_pinfo_.o):
In function `blacs_pinfo_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/b/worker/csml-libsci-sles/build/mp/scalapack/BLACS/SRC/blacs_pinfo_.c:18:
undefined reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/CRAY/8.6/x86_64/lib/libsci_cray_mpi_mp.a(blacs_pinfo_.oo):
In function `Cblacs_pinfo':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/b/worker/csml-libsci-sles/build/mp/scalapack/BLACS/SRC/blacs_pinfo_.c:18:
undefined reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/cce/8.6.5/binutils/x86_64/x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld:
link errors found, deleting executable `exe'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/usr/bin/sha1sum: exe: No such file or
directory<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> ll /usr/bin/sha1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">sha1pass sha1sum <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> ll /usr/bin/sha1sum <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-rwxr-xr-x 1 root root 43912 Aug 6 2016
/usr/bin/sha1sum<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> which sha1sum<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/usr/bin/sha1sum<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> module list <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Currently Loaded Modulefiles:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 1) modules/3.2.10.6
9) pmi/5.0.13
17) atp/2.1.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 2)
eproxy/2.0.22-6.0.5.0_2.1__g1ebe45c.ari 10)
dmapp/7.1.1-6.0.5.0_49.8__g1125556.ari 18)
perftools-base/7.0.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 3) cce/8.6.5
11) gni-headers/5.0.12-6.0.5.0_2.15__g2ef1ebc.ari 19)
PrgEnv-cray/6.0.4<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 4) craype-network-aries
12) xpmem/2.2.4-6.0.5.0_4.8__g35d5e73.ari 20)
cray-mpich/7.7.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 5) craype/2.5.13
13) job/2.2.2-6.0.5.0_8.47__g3c644b5.ari 21)
slurm/slurm<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 6) cray-libsci/17.12.1
14) dvs/2.7_2.2.52-6.0.5.2_17.6__g5170dea 22)
craype-haswell<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 7)
udreg/2.3.2-6.0.5.0_13.12__ga14955a.ari 15)
alps/6.5.28-6.0.5.0_18.6__g13a91b6.ari 23)
texlive/2017<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> 8) ugni/6.0.14-6.0.5.0_16.9__g19583bb.ari
16) rca/2.2.16-6.0.5.0_15.34__g5e09e6d.ari 24)
darshan/3.1.5<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> module swap
PrgEnv-cray/6.0.4 PrgEnv-intel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> ftn -o exe_i
test_scalapack.f90 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/INTEL/16.0/x86_64/lib/libsci_intel_mpi.a(blacs_exit_.o):
In function `blacs_exit_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_exit_.c:(.text+0xe9): undefined
reference to `__wrap_MPI_Finalize'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/INTEL/16.0/x86_64/lib/libsci_intel_mpi.a(blacs_pinfo_.o):
In function `blacs_pinfo_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_pinfo_.c:(.text+0x9b): undefined
reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/INTEL/16.0/x86_64/lib/libsci_intel_mpi.a(blacs_pinfo_.oo):
In function `Cblacs_pinfo':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_pinfo_.c:(.text+0x9b): undefined
reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> module swap
PrgEnv-intel/6.0.4 PrgEnv-gnu<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">PrgEnv-gnu PrgEnv-gnu/6.0.4 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> module swap
PrgEnv-intel/6.0.4 PrgEnv-gnu<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">hadrib@cdl1:~> ftn -o exe_i
test_scalapack.f90 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/GNU/6.1/x86_64/lib/libsci_gnu_61_mpi.a(blacs_exit_.o):
In function `blacs_exit_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_exit_.c:(.text+0xdb): undefined
reference to `__wrap_MPI_Finalize'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/GNU/6.1/x86_64/lib/libsci_gnu_61_mpi.a(blacs_pinfo_.o):
In function `blacs_pinfo_':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_pinfo_.c:(.text+0xb3): undefined
reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/opt/cray/pe/libsci/17.12.1/GNU/6.1/x86_64/lib/libsci_gnu_61_mpi.a(blacs_pinfo_.oo):
In function `Cblacs_pinfo':<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">blacs_pinfo_.c:(.text+0xb3): undefined
reference to `__wrap_MPI_Init'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">=====<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">implicit none<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: n, nb ! problem size and
block size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: myunit ! local output unit
number<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: myArows, myAcols ! size of
local subset of global array<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: i,j, igrid,jgrid, iproc,jproc,
myi,myj, p<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">real*8, dimension(:,:), allocatable ::
myA,myB,myC<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: numroc ! blacs routine<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: me, procs, icontxt, prow, pcol,
myrow, mycol ! blacs data<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: info ! scalapack return value<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer, dimension(9) :: ides_a, ides_b,
ides_c ! scalapack array desc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">open(unit=1,file="ABCp.dat",status="old",form="formatted")<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">read(1,*)prow<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">read(1,*)pcol<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">read(1,*)n<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">read(1,*)nb<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">close(1)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">if (((n/nb) < prow) .or. ((n/nb) <
pcol)) then<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">print *,"Problem size too small for
processor set!"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">stop 100<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_pinfo (me,procs)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_get (0, 0, icontxt)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_gridinit(icontxt, 'R', prow,
pcol)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_gridinfo(icontxt, prow, pcol,
myrow, mycol)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myunit = 10+me<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"--------"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"Output for processor ",me,"
to unit ",myunit<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"Proc ",me,": myrow, mycol
in p-array is ", &<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myrow, mycol<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myArows = numroc(n, nb, myrow, 0, prow)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myAcols = numroc(n, nb, mycol, 0, pcol)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"Size of global array is
",n," x ",n<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"Size of block is
",nb," x ",nb<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(myunit,*)"Size of local array is
",myArows," x ",myAcols<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">allocate(myA(myArows,myAcols))<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">allocate(myB(myArows,myAcols))<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">allocate(myC(myArows,myAcols))<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">do i=1,n<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call g2l(i,n,prow,nb,iproc,myi)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">if (myrow==iproc) then<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">do j=1,n<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call g2l(j,n,pcol,nb,jproc,myj)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">if (mycol==jproc) then<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myA(myi,myj) = real(i+j)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myB(myi,myj) = real(i-j)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myC(myi,myj) = 0.d0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">enddo<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">enddo<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! Prepare array descriptors for ScaLAPACK<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(1) = 1 ! descriptor type<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(2) = icontxt ! blacs context<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(3) = n ! global number of
rows<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(4) = n ! global number of
columns<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(5) = nb ! row block size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(6) = nb ! column block size<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(7) = 0 ! initial process row<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(8) = 0 ! initial process
column<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_a(9) = myArows ! leading dimension
of local array<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">do i=1,9<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_b(i) = ides_a(i)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ides_c(i) = ides_a(i)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">enddo<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! Call ScaLAPACK library routine<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call pdgemm('T','T',n,n,n,1.0d0,
myA,1,1,ides_a, &<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myB,1,1,ides_b,0.d0, &<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">myC,1,1,ides_c )<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! Print results<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call g2l(n,n,prow,nb,iproc,myi)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call g2l(n,n,pcol,nb,jproc,myj)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">if ((myrow==iproc) .and. (mycol==jproc))
&<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">write(*,*) 'c(',n,n,')=',myC(myi,myj)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! Deallocate the local arrays<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">deallocate(myA, myB, myC)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! End blacs for processors that are used<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_gridexit(icontxt)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">call blacs_exit(0)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">end<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! convert global index to local index in
block-cyclic distribution<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">subroutine g2l(i,n,np,nb,p,il)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">implicit none<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: i ! global array index, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: n ! global array dimension,
input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: np ! processor array
dimension, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: nb ! block size, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: p ! processor array index,
output<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: il ! local array index, output<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: im1 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">im1 = i-1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">p = mod((im1/nb),np)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">il = (im1/(np*nb))*nb + mod(im1,nb) + 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">return<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">end<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">! convert local index to global index in
block-cyclic distribution<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">subroutine l2g(il,p,n,np,nb,i)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">implicit none<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: il ! local array index, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: p ! processor array index,
input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: n ! global array dimension,
input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: np ! processor array
dimension, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: nb ! block size, input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: i ! global array index,
output<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">integer :: ilm1 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ilm1 = il-1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">i = (((ilm1/nb) * np) + p)*nb +
mod(ilm1,nb) + 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">return<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">end<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;color:black">-------<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Bilel Hadri,
PhD<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Computational
Scientist<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">KAUST
Supercomputing Lab<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Al Khawarizmi
Bldg. (1) Office 126<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">4700 King
Abdullah University of Science and Technology<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Thuwal
23955-6900<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Kingdom of
Saudi Arabia<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Office Phone:
+966 12 808 0654<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Cell Phone: +
966 544 700 893<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
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