<div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">It seems like hdf5 library is not loaded into memory and hence dlsym() is failing ?</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I tried LD_PRELOAD-ing both darshan as well as hdf5 library and the above example is working fine.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">darshan-parser --file-list show the hdf5 file and then I use <span style="color:rgb(0,0,0);white-space:nowrap">darshan-convert --file to get profile of specific hdf5 that I am interested in.</span></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);white-space:nowrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="white-space:nowrap">But, while profiling actual application, I have another issue. In the profile of large application, </span></font><font face="arial, helvetica, sans-serif">darshan-parser --file-list doesn't show the hdf5 created by application. What could be wrong?</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">The application is using scipy, numpy, Image etc. Initially I thought importing scipy modules somehow causing the issue but I am not able to reproduce it with small isolated test.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Could someone provide any hints? (note that the job_name.darshan log file is generated but pdf from </font><a href="http://darshan-job-summary.pl">darshan-job-summary.pl</a><font face="arial, helvetica, sans-serif"> says "This Darshan log contains incomplete data which...").</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks in advance!</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">-Pramod</font></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 9, 2017 at 1:02 PM, pramod kumbhar <span dir="ltr"><<a href="mailto:pramod.s.kumbhar@gmail.com" target="_blank">pramod.s.kumbhar@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello All,<div><br></div><div>I have used darshan for parallel c/c++ application without issue but trying to analyse python(3) application first time. This application uses h5py.</div><div><br></div><div>I compiled darshan with --enable-HDF5-pre-1.10 (or --enable-HDF5-post-1.10).</div><div><br></div><div>When I now run simple h5py test serially I get :</div><div><br></div><div><div>$ python3 test.py</div><div>Darshan failed to map symbol: H5get_libversion</div></div><div><br></div><div>If I don't enable hdf5 during configure then I see profiles being generated.</div><div>What am I missing here? Do I need parallel h5py application? Any hints will be helpful!</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Pramod</div><div><br></div><div>p.s. h5py test program</div><div><br></div><div>import h5py</div><div>a = [1,2,3,4,5]<br></div><div>h5f = h5py.File('data.h5', 'w')</div><div>h5f.create_dataset('dataset_1'<wbr>, data=a)</div><div>h5f.close()</div></div>
</blockquote></div><br></div></div>